En sus orígenes, Cuiabá era un pueblo fundado entre 1673 y 1682 por Manoel de Campos Bicudo en las proximidades del río Coxipó, más precisamente donde el rio Coxipó desemboca en el río Cuiabá.
En 1718, el lugar estaba abandonado y Pascoal Moreira Cabral, en busca de indígenas, subió por el río Coxipó luchando contra los indios coxiponés. Al regresar de la batalla encontraron oro y ello hizo que desistieran de la captura de los indios para dedicarse a la minería.
El 8 de abril de 1719, Pascoal firmó el acta de fundación de Cuiabá un una zona conocida como Forquilha. El 1º de enero de 1727, Cuiabá es elevada a la villa pasando a llamarse Vila Real do Senhor Bom Jesus de Cuiabá y elevada a ciudad el 17 de setiembre de 1818 convirtiéndose en capital del estado de Mato Grosso el 28 de agosto de 1835.

La economía de Cuiabá solamente se desarrolló después de la Guerra del Paraguay, cuando las navegaciones vuelven por los ríos Paraguay, Cuiabá y Paraná. Su economía se basó en la caña de azúcar, aunque en 1930 la ciudad quedó nuevamente estancada.
Entre 1970 y 1980 la ciudad volvió a crecer con servicios e infraestructura. El agro-negocio se expandió fuertemente y a partir de eso la ciudad pasa a modernizarse e industrializarse. A partir de 1990, el turismo empezó a ser fuente de renta y la ciudad pasó nuevamente a crecer.









